Протагонист - это, кажется, устаревшее название главного героя произведения, драмы. Да, они протагонисты в этом смысле.
Антагонисты - противники. Да, они противники в том смысле, что Моцарт считает, что гений - это прежде всего любовь. Гений и злодейство поэтому для него две вещи несовместные. А для Сальери гений заключается в славе. Кто знаменит - тот и гений.